Ini adalah kemenangan kesebelas kalli berturut-turut Bayern dalam kompetisi ini di bawah asuhan pelatih Jupp Heynckes yang pernah mengantarkan Bayern menjadi juara edisi 2013 sebelum pensiun namun kemudian aktfi lagi musim ini.
Klub Bundesliga itu unggul lebih dahulu lewat Thiago Alcantara pada menit 18 setelah pemain Spanyol ini melepaskan tendangan voli menyambut umpan silang Thomas Mueller sehingga memupus impian klub Turki itu mencetak keajaiban setelah dicukur Bayern 0-5 pada pertandingan leg pertama di Muenchen dua pekan sebelumnya.
Tetapi beberapa saat kemudian Alcantara ditarik ke luar lapangan karena cedera pergelangan kaki turun, padahal pemain ini baru saja merumput lagi setelah sembuh dari cedera. Dia akan menjalani pemeriksaan medis di Muenchen Kamis ini, kata para pejabat Bayern.
Bayern yang akhir pekan ini berusaha memastikan gelar juara Bundesliga keenam kali berturut-turut, menggandakan keunggulan menjadi 2-0 pada awal babak kedua ketika Gokhan Gonul menyambut umpan Rafinha dengan tendangan voli yang tujuan awalnya menghalau bola namun malah masuk ke gawang sendiri.
Besiktas berusaha bangkit dengan menciptakan gol lewat kaki Vagner Love pada menit 58 yang seketika melegakkan hati 40.000 pendukung tuan rumah.
Tetapi enam menit kemudian, pemain pengganti Sandro Wagner menggenapkan kemenangan Bayern menjadi 3-1 setelah menerima umpan David Alaba dengan dadanya.
Wagner, yang bergabung dengan Bayern pada jendela transfer Januari lalu, sudah mencetak gol pada babak kualifikasi Liga Champions musim ini sewaktu masih memperkuat Hoffenheim, selain gol pada Liga Europa.
Undian pertandingan perempatfinal akan digelar esok Jumat, demikian Reuters.
Susunan pemain kedua tim.
Besiktas: Tolga Zengin, Gary Medel, Necip Uysal, Caner Erkin, Gokhan Gonul, Mustafa Pektemek, Oguzhan Ozyakup, Tolgay Arslan (Atiba Hutchinson), Vagner Love (Ryan Babel), Jeremain Lens (Anderson Talisca), Ricardo Quaresma
Bayern Muenchen: Sven Ulreich, Mats Hummels (Niklas Sule), Jerome Boateng, David Alaba, Rafinha, Javi Martinez, Thiago Alcantara (James Rodriguez), Arturo Vidal, Robert Lewandowski (Sandro Wagner), Franck Ribery, Thomas Muller