Peristiwa itu menjadi insiden terkini tentang kekerasan mematikan di dalam penjara di negara Andes itu.
Presiden Guillermo Lasso mengaitkan kekerasan di penjara tersebut dengan perseteruan antargeng untuk menguasai wilayah dan rute perdagangan narkoba.
Tahun lalu, 316 tahanan tewas dalam kerusuhan di berbagai penjara di seluruh Ekuador.
Polisi dan angkatan bersenjata berhasil merebut kembali kendali penjara, kata badan penjara SNAI di Twitter. Sebelumnya, mereka menyebut insiden itu sebagai "perselisihan".
"Personel dari pusat melaporkan hingga sekarang 13 tahanan tewas dan dua terluka," kata SINAI, seraya menambahkan bahwa penghitungan akhir akan dilakukan oleh kantor jaksa agung.
Kekerasan di penjara Santo Domingo pada Mei lalu menyebabkan 43 kematian.
Komisi Hak Asasi Manusia Antar-Amerika mengatakan sistem penjara Ekuador menjadi rusak akibat pengabaian negara dan tidak adanya kebijakan yang komprehensif, serta kondisi penjara yang buruk bagi narapidana.
Penjara-penjara di negara itu menampung sekitar 33.900 orang atau 12,5 persen melebihi kapasitas maksimumnya, menurut data resmi.
Baca juga: Kerusuhan di penjara sebabkan 41 napi tewas dan 13 luka-luka
Baca juga: Kronologis Kerusuhan Di LP Tanjung Gusta
Baca juga: Usai kerusuhan, polisi masih buru 15 tahanan yang kabur
